A hatalmat az 1945 őszén fokozatosan magukhoz ragadó kommunisták a kialakítandó proletárdiktatúrában csakis olyan, létszámában minimálisra zsugorított katolikus egyházat tudtak elképzelni, melynek vezetői készségesen teljesítik az ...
állampárt akaratát. Tudták, hogy Mindszenty nem az ő emberük, ezért letartóztatták. A fogságban testileg-lelkileg megkínozták, s hazug vádak alapján életfogytiglani fegyházra ítélték. 6 év börtön után megromlott egészsége miatt Felsőpetényben házi őrizetben tartották fogva. Az 1956-os forradalom idején kiszabadítása, érseki tisztének helyreállítása az egyik legáltalánosabban elterjedt követelés volt. A szabadságharc leverése után az USA nagykövetségén kért menedéket, ahol tizenöt évet töltött. Ezután haláláig Bécsben élt. Lelkiismereti kötelességének érezte, hogy a világban szétszóródott magyarokat hitükben és magyarságukban erősítse. Ezért intenzív lelkipásztori munkába kezdett, hosszabb lelkipásztori utakra indult, hogy a világon szétszóródott magyarokat felkeresse.
