Az Ökológiai Kutatóközpont, 2019-ig MTA Ökológiai Kutatóközpont, 2012. január 1-jén alakult meg az MTA Ökológiai és Botanikai Kutatóintézetének és az MTA Duna-kutató Intézetének az MTA Balatoni Limnológiai Kutatóintézetbe történő beintegrálásával. A három korábbi intézet összevonásának célja a hatékonyabb kutatás elősegítése volt. A kutatóközpont első főigazgatója Báldi András volt, aki 2018 végéig töltötte be ezt a pozíciót. Ezalatt kialakult három viszonylag azonos súlyú intézet, megoldódott a Duna-kutató Intézet elhelyezése, és jelentősen növekedett a kutatási sikeresség és a pályázati források bevonása. 2016-tól az MTA Ökológiai Kutatóközpont koordinálta az MTA Nemzeti Víztudományi Programot. Az MTA Ökológiai Kutatóközpont főigazgatója 2019-től Szathmáry Eörs. 2019-től Ökológiai Kutatóközpont néven az Eötvös Loránd Kutatási Hálózat tagintézménye lett.
)